Pero al verlo medio vacío, salta a la vista que hay cuencas con problemas y temas ambientales sin solución. Ese fue el planteamiento del ingeniero Humberto Peña, ex director de Aguas entre 1994 y 2006, en un panel del seminario Hacia una política para los recursos hídricos en Chile, organizado por el delegado presidencial para los recursos hídricos, Reinaldo Ruiz.
En opinión de Peña, el sistema institucional del agua tiene problemas como fallas en el cumplimiento de funciones asignadas por capacidades insuficientes, falta de información y vacíos en las estructuras de unidades de gobierno.

Pero, agregó, también hay fallas de diseño, ya que el sistema no se hace cargo de la complejidad de la gestión del recurso hídrico.
Peña propone mejorar la institucionalidad pública con el desarrollo de capacidades y la creación de un ente rector que ejerza un liderazgo efectivo, como una subsecretaría de Recursos Hídricos.

Andrei Jouravlev, economista de la división de recursos naturales de Cepal, recordó que el ejercicio de derechos de 70% de los usuarios depende del uso de sus derechos de usuarios aguas arriba, de modo que incluso derechos a firme son vulnerables a externalidades generadas por terceros, algo que tampoco está incorporado en el marco actual.

A juicio del abogado Juan Carlos Urquidi, de SustentarRSE, gran parte del problema radica en la propiedad del agua, ya que se entrega de buena fe no sólo el uso y goce, sino también la facultad de disponer de los derechos. Y propone cambiarlo por un usufructo y no un derecho de propiedad.

Urquidi también llamó la atención sobre la competencia creciente por el uso del agua y comentó que perfeccionar la legislación de una manera integral podría implicar modificaciones a los códigos civil, de minería y de agua. Sobre este último, planteó que es en un gran medida un código de riego, agrícola, y no de aguas.

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